AI及生物信息学核心知识与工具教程https://wiki.apidoor.asia/ zh Thu, 28 May 2026 11:15:08 -0000 Thu, 28 May 2026 11:15:08 -0000 1440 MkDocs RSS plugin - v1.19.0 None https://wiki.apidoor.asia/ <h1>VSEARCH 工具指南</h1> <h2>概述</h2> <p><strong>VSEARCH</strong> 是一款高性能、开源免费的序列分析工具，旨在作为 <a href="https://www.drive5.com/usearch/">USEARCH</a> 的替代方案。它实现了大规模序列数据处理所需的几乎所有核心操作：嵌合体检测、聚类、去冗余、全局比对搜索、双端序列...</p> https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/VSEARCH_%E5%B7%A5%E5%85%B7%E6%8C%87%E5%8D%97/ Thu, 28 May 2026 11:15:47 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/VSEARCH_%E5%B7%A5%E5%85%B7%E6%8C%87%E5%8D%97/ <h1>单细胞分析最佳实践</h1> <h2>概述</h2> <p>《单细胞分析最佳实践》（Single-cell best practices）是一本持续更新的开源在线书籍，由 Theislab 实验室主导编写并维护。其目标是为跨模态（scRNA-seq、scATAC-seq、空间转录组学等）的单细胞数据分析提供标准化、可复现的操作指南。...</p> https://wiki.apidoor.asia/%E5%AE%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84/%E5%8D%95%E7%BB%86%E8%83%9E%E5%88%86%E6%9E%90%E6%9C%80%E4%BD%B3%E5%AE%9E%E8%B7%B5/ Thu, 28 May 2026 11:15:17 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%AE%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84/%E5%8D%95%E7%BB%86%E8%83%9E%E5%88%86%E6%9E%90%E6%9C%80%E4%BD%B3%E5%AE%9E%E8%B7%B5/ <h1>CellChat：单细胞与空间转录组细胞通讯分析工具</h1> <h2>概述</h2> <p>CellChat 是一个基于 <strong>R 语言</strong>的开源工具，专门用于从 <strong>scRNA-seq（单细胞转录组）</strong> 和 <strong>空间分辨转录组（spatially resolved transcriptomics）</strong> 数据中**推断细胞间通讯（...</p> https://wiki.apidoor.asia/%E5%AE%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84/jinworks_CellChat/ Thu, 28 May 2026 11:15:17 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%AE%8F%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84/jinworks_CellChat/ <h1>CAR-T 肿瘤临床试验监测平台：工程化架构与生物信息学应用指南</h1> <h2>概述</h2> <p>CAR-T 肿瘤临床试验监测平台（<a href="https://onc-car-t-trial-monitor.streamlit.app">onc-car-t-trial-monitor.streamlit.app</a>）是一个实时的交互式数...</p> https://wiki.apidoor.asia/Linux%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E5%8C%96/CAR-T_%E8%82%BF%E7%98%A4%E4%B8%B4%E5%BA%8A%E8%AF%95%E9%AA%8C%E7%9B%91%E6%B5%8B%E5%B9%B3%E5%8F%B0_%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E5%8C%96%E6%9E%B6%E6%9E%84%E4%B8%8E%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%BA%94%E7%94%A8%E6%8C%87%E5%8D%97/ Thu, 28 May 2026 11:15:17 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/Linux%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E5%8C%96/CAR-T_%E8%82%BF%E7%98%A4%E4%B8%B4%E5%BA%8A%E8%AF%95%E9%AA%8C%E7%9B%91%E6%B5%8B%E5%B9%B3%E5%8F%B0_%E5%B7%A5%E7%A8%8B%E5%8C%96%E6%9E%B6%E6%9E%84%E4%B8%8E%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E5%BA%94%E7%94%A8%E6%8C%87%E5%8D%97/ 涵盖 1400+ 篇教程，从基础到前沿全覆盖。使用左侧导航浏览分类，或顶部搜索快速查找。 https://wiki.apidoor.asia/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/ 7 个独立交互页面，涵盖面试核心模块。点击卡片即可打开对应的交互式速查手册。 https://wiki.apidoor.asia/%E4%BA%A4%E4%BA%92%E5%BC%8F%E6%95%99%E7%A8%8B/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E4%BA%A4%E4%BA%92%E5%BC%8F%E6%95%99%E7%A8%8B/ 一句话说明： Ollama 是一个让你在自己电脑上一行命令就能跑大语言模型的工具，不需要联网、不花钱、数据完全私密。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/01_Ollama%E6%9C%AC%E5%9C%B0%E5%A4%A7%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%83%A8%E7%BD%B2%E4%B8%8E%E4%BD%BF%E7%94%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/01_Ollama%E6%9C%AC%E5%9C%B0%E5%A4%A7%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%83%A8%E7%BD%B2%E4%B8%8E%E4%BD%BF%E7%94%A8/ 一句话说明：LangChain 是一个 Python 框架，帮你把大语言模型（LLM）和你自己的数据连起来——最核心的用法就是 RAG（先搜后答），让 AI 回答问题时能查你的文档，而不是瞎编。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/02_LangChain%E5%85%A5%E9%97%A8%E4%B8%8ERAG%E5%AE%9E%E6%88%98/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/02_LangChain%E5%85%A5%E9%97%A8%E4%B8%8ERAG%E5%AE%9E%E6%88%98/ <h1>HuggingFace Transformers 入门</h1> <h2>一句话说明</h2> <p>HuggingFace Transformers 是 AI 界最大的"模型商店 + 工具箱"，让你用几行 Python 代码就能调用最先进的 NLP、CV、蛋白质分析等预训练模型，做文本分类、翻译、生成、图像识别等任务。</p> <hr> <p>...</p> https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/03_HuggingFace_Transformers%E5%85%A5%E9%97%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/03_HuggingFace_Transformers%E5%85%A5%E9%97%A8/ 一句话说明：AI Agent（智能体）是能&quot;自己思考、自己决定用什么工具、自己执行多步任务&quot;的 AI 程序——不再只是一问一答，而是像一个能干活的实习生。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/04_AI_Agent%E5%BC%80%E5%8F%91%E5%85%A5%E9%97%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/04_AI_Agent%E5%BC%80%E5%8F%91%E5%85%A5%E9%97%A8/ 一句话说明： AI 编程助手是能理解你的代码上下文、帮你写代码/改 bug/跑命令的智能工具，从简单的代码补全到完整的 Agent 自主编程，它们正在彻底改变开发者的工作方式。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/05_AI%E7%BC%96%E7%A8%8B%E5%8A%A9%E6%89%8B%E6%B7%B1%E5%BA%A6%E5%AF%B9%E6%AF%94%E4%B8%8E%E9%AB%98%E6%95%88%E4%BD%BF%E7%94%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/05_AI%E7%BC%96%E7%A8%8B%E5%8A%A9%E6%89%8B%E6%B7%B1%E5%BA%A6%E5%AF%B9%E6%AF%94%E4%B8%8E%E9%AB%98%E6%95%88%E4%BD%BF%E7%94%A8/ 一句话说明：这篇教程帮你搞清楚 2025-2026 年主流开源大模型的区别，并根据你 8G 显存的实际情况，选出最适合生信面试准备和日常使用的模型。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/06_%E5%BC%80%E6%BA%90%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%80%89%E5%9E%8B%E6%8C%87%E5%8D%97/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/06_%E5%BC%80%E6%BA%90%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E9%80%89%E5%9E%8B%E6%8C%87%E5%8D%97/ 一句话说明：MCP（Model Context Protocol，模型上下文协议）是一个开源标准，让 AI 应用（如 Claude Code、OpenCode）能用统一的方式连接外部工具、数据库和 API——白话说就是 AI 的&quot;万能 USB-C 插头&quot;。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/07_MCP%E5%8D%8F%E8%AE%AE%E4%B8%8E%E5%B7%A5%E5%85%B7%E9%9B%86%E6%88%90/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/07_MCP%E5%8D%8F%E8%AE%AE%E4%B8%8E%E5%B7%A5%E5%85%B7%E9%9B%86%E6%88%90/ 一句话说明：ComfyUI 是一个基于节点（Node）的 Stable Diffusion 图像生成界面，把&quot;文字变图片&quot;的每一步都拆成可拖拽的积木块，让你像搭乐高一样控制 AI 画图的全过程。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/08_ComfyUI%E5%9B%BE%E5%83%8F%E7%94%9F%E6%88%90%E5%85%A5%E9%97%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/08_ComfyUI%E5%9B%BE%E5%83%8F%E7%94%9F%E6%88%90%E5%85%A5%E9%97%A8/ 一句话说明： AnythingLLM 是一个开源的本地知识库问答系统，你把文档丢进去，它就能基于你的资料回答问题——不联网、不花钱、数据不出你电脑。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/09_AnythingLLM%E7%9F%A5%E8%AF%86%E5%BA%93%E6%90%AD%E5%BB%BA/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/09_AnythingLLM%E7%9F%A5%E8%AF%86%E5%BA%93%E6%90%AD%E5%BB%BA/ 一句话说明： Atuin 用 SQLite 数据库替换 Shell 原生历史记录，支持全文搜索、跨设备同步、上下文感知过滤，让命令历史变成真正可检索的知识库。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/100_Atuin%20Shell%E5%8E%86%E5%8F%B2%E6%90%9C%E7%B4%A2/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/100_Atuin%20Shell%E5%8E%86%E5%8F%B2%E6%90%9C%E7%B4%A2/ 一句话说明： Just 是一个轻量级命令运行器，用简洁的 justfile 语法定义项目常用命令，是 Makefile 用于非编译任务时的理想替代品。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/101_Just%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%BF%90%E8%A1%8C%E5%99%A8/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/101_Just%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%BF%90%E8%A1%8C%E5%99%A8/ 一句话说明： Hatch 是 PyPA（Python Packaging Authority）官方维护的现代 Python 项目管理工具，统一了构建、测试、发布、环境管理和版本控制。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/102_Hatch_Python%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E7%AE%A1%E7%90%86/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/102_Hatch_Python%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E7%AE%A1%E7%90%86/ 一句话说明： Podman 是无守护进程（daemonless）的容器引擎，命令兼容 Docker，但以 rootless 模式运行更安全，且支持 Pod 概念原生对接 Kubernetes。 https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/103_Podman%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%BC%95%E6%93%8E/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/103_Podman%E5%AE%B9%E5%99%A8%E5%BC%95%E6%93%8E/ <h1>Crawl4AI：LLM友好的网页智能抓取框架</h1> <h2>为什么要学 Crawl4AI</h2> <p>在大模型时代，高质量数据是 AI 应用的基础。传统爬虫工具（如 Scrapy、BeautifulSoup）输出的原始 HTML 对 LLM 来说噪声太多——广告、导航栏、脚本标签混杂其中，既浪费 token 又降低理解质量...</p> https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/104_Crawl4AI%E7%BD%91%E9%A1%B5%E6%99%BA%E8%83%BD%E6%8A%93%E5%8F%96/ Thu, 28 May 2026 01:32:30 +0000 AI生信知识库https://wiki.apidoor.asia/%E5%B7%A5%E5%85%B7%E4%B8%8E%E6%95%99%E7%A8%8B/104_Crawl4AI%E7%BD%91%E9%A1%B5%E6%99%BA%E8%83%BD%E6%8A%93%E5%8F%96/