AI生信知识库¶
涵盖 1400+ 篇教程，从基础到前沿全覆盖。使用左侧导航浏览分类，或顶部搜索快速查找。
🧭 在线工具导航¶
点击即可跳转到对应的在线分析平台，无需安装、打开即用。
序列比对¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🧬 NCBI BLAST | 最常用的序列比对工具，支持 DNA/RNA/蛋白质局部比对 |
| Clustal Omega | EBI 多序列比对工具，适合大规模数据集 |
| MAFFT | 高精度快速多序列比对 |
| T-Coffee | 结合多种方法的高精度多序列比对 |
| 🧰 EBI Job Dispatcher | EBI 统一生信工具入口，数十种分析工具 |
宏基因组分析¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🦠 MG-RAST | 宏基因组自动注释服务器，支持系统发育和功能分析 |
| 🧪 Galaxy | 免费在线生信分析平台，集成数百种工具，无需编程 |
| 🔬 MGnify | EBI 微生物组数据分析平台，含 10 万+ 公共数据集 |
| 📊 MicrobiomeAnalyst | 微生物组统计分析和可视化平台，支持 DADA2 |
| QIIME 2 | 领先的开源微生物组分析平台，支持 16S/ITS/宏基因组 |
基因组浏览器¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🗺️ UCSC Genome Browser | 最权威的基因组浏览器，支持 4000+ 物种 |
| 🗄️ Ensembl | 脊椎动物基因组注释，提供基因模型与变异分析 |
| 🔍 IGV | Broad 研究所基因组浏览器，支持 BAM/VCF 等 NGS 格式 |
| 🌐 JBrowse 2 | 基于 JavaScript 的新一代基因组浏览器 |
| 👁️ NCBI Genome Viewer | NCBI 基因组浏览工具，与 NCBI 数据库深度整合 |
蛋白质结构预测¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| AlphaFold DB | DeepMind 2 亿+ 高精度蛋白质结构预测 |
| ⚛️ AlphaFold Server | AlphaFold3 在线预测，支持蛋白质-DNA/RNA 复合物 |
| SWISS-MODEL | 老牌同源建模服务器，提供结构预测和质量评估 |
| 🚀 ESMFold | Meta AI 超快速结构预测，无需多序列比对 |
| Robetta | Baker 实验室的 RoseTTAFold 结构预测服务器 |
通路与富集分析¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| DAVID | 最经典的基因功能注释和富集分析工具 |
| KEGG | 全球最全面的代谢通路与信号通路图谱 |
| 🔗 STRING | 蛋白质互作网络数据库，支持通路富集分析 |
| Enrichr | 整合 180,000+ 注释基因集的富集分析工具 |
| 📈 Metascape | 自动化富集分析，输出论文级别分析报告 |
| Reactome | 免费开源人类生物通路数据库，手动策展 |
| 🌿 ShinyGO | 基因本体和通路富集的交互式可视化工具 |
| g:Profiler | 整合 GO/KEGG/Reactome 的功能富集分析 |
数据库资源¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 📚 NCBI | GenBank/Gene/SRA 等核心生物数据库综合入口 |
| UniProt | 最权威的蛋白质序列和功能注释数据库 |
| PDB (RCSB) | 蛋白质三维结构数据库（X 射线/NMR/冷冻电镜） |
| 🧬 GEO | NCBI 基因表达数据仓库（芯片 + 高通量测序） |
| SRA | 全球最大的高通量测序原始数据仓库 |
| 💊 ChEMBL | EBI 生物活性化合物和药物靶点数据库 |
| ExPASy | 瑞士生信研究所门户，蛋白组学/基因组学工具集 |
AI 对话助手¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🤖 ChatGPT | OpenAI 旗舰对话 AI，免费版支持 GPT-4o |
| 🧠 Claude | Anthropic 出品，200K 超长上下文，擅长深度推理与代码 |
| 💎 Google Gemini | Google 多模态 AI，深度集成 Google 生态 |
| 🔍 Perplexity AI | 实时联网搜索 + AI 回答，自动标注引用来源 |
| 🐋 DeepSeek | 国产开源大模型，编程能力强，完全免费 |
| 💬 HuggingChat | 开源聊天工具，可切换 Llama/Mistral 等多模型 |
| 🌐 Poe | 聚合平台，一个界面访问 ChatGPT/Claude/Gemini 等 |
| 🔮 Mistral Le Chat | 欧洲 AI 公司 Mistral 出品，注重隐私保护 |
AI 代码编程¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🧑💻 GitHub Copilot | AI 代码补全标杆，支持 VS Code/JetBrains |
| ⚡ Cursor | AI 优先代码编辑器，Agent 模式可跨文件自动编辑 |
| 🌊 Windsurf | 免费无限代码补全，Cascade 引擎理解全项目上下文 |
| 🔧 Replit | 浏览器内全栈开发环境，零安装，AI Agent 自动编码 |
| 🔌 Continue.dev | 开源 AI 代码助手插件，可自由切换任意模型 |
| 🤖 Claude Code | Anthropic 终端 AI 编程工具，200K 上下文处理大型代码库 |
| 👨💻 Aider | 终端 AI 结对编程，直接编辑本地 Git 仓库代码 |
AI 图像生成¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🎨 Microsoft Designer | 微软 AI 图片生成，完全免费且无限使用 |
| 🖼️ Playground AI | 免费每天 50 张，支持多模型，Midjourney 最佳替代 |
| ✍️ Ideogram | 文字渲染能力极强的 AI 绘图，免费每天 40 张 |
| 🎭 Leonardo.AI | 每天 150 token 免费额度，多种风格模型 |
| 🌀 Stable Diffusion | 开源 SD 在线版，免费无限生成 |
AI 写作与 PPT¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 📊 Gamma | AI 一键生成精美 PPT/文档/网页，自动排版 |
| 📝 Notion AI | 万能笔记 + AI 写作/总结/翻译，个人版免费 |
| 🎯 Beautiful.ai | AI 驱动 PPT 设计，智能排版自动美化 |
| ✏️ Wordtune | AI 实时写作润色，改写/缩写/扩写建议 |
AI 音视频¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🎙️ ElevenLabs | AI 语音克隆/合成标杆，超逼真人声 |
| 🎵 Suno | AI 音乐生成，输入文字即出完整歌曲（含人声） |
| 🎬 Runway | AI 视频生成/编辑领先平台，文生视频+图生视频 |
| 🎤 Descript | AI 音视频编辑器，文字编辑即剪辑视频 |
| 🔇 Krisp | AI 实时降噪，通话/录音自动去除背景噪声 |
AI 生信专用¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🧬 ESM Atlas | Meta AI 宏基因组蛋白质结构图谱，7 亿+ 微生物蛋白结构 |
| 🧪 Neurosnap | 在线生信 AI 工具集合，集成 AlphaFold2/RFdiffusion 等，无需代码 |
| 📊 JASP | 免费学术级统计分析，图形界面做 t 检验/ANOVA/贝叶斯 |
| 🍊 Orange | 开源可视化数据挖掘，拖拽式操作，内置机器学习算法 |
AI/ML 平台¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| ☁️ Google Colab | 免费云端 Jupyter Notebook，提供 GPU 加速 |
| 🧠 Kaggle | 数据科学平台，每周 30h GPU + 海量公共数据集 |
| 🤖 Hugging Face | 最大的 AI 模型和数据集社区，免费推理 API |
| 📄 Papers with Code | 论文 + 代码关联平台，追踪最新 AI 研究 |
| ☁️ Binder | 将 GitHub 仓库转化为可交互 Jupyter 环境 |
开源模型平台¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 🦙 Ollama | 本地运行大模型最流行工具，一行命令运行 Llama/Qwen |
| 🖥️ LM Studio | 本地大模型桌面应用，图形界面浏览/下载/对话 |
| ⚡ Groq | 超快推理平台，Llama 推理速度最快，有免费 API 额度 |
| 🔀 OpenRouter | 统一 API 访问 200+ 模型，一个 Key 切换所有模型 |
| 🧪 Google AI Studio | 免费 Gemini 模型开发平台，慷慨免费 API 额度 |
| 🏠 Jan | 开源离线 AI 助手桌面应用，隐私优先，本地运行 |
科研可视化¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 📉 SRplot | 120+ 种科研图表在线绘制（火山图/热图/circos 图等） |
| iDEP | RNA-Seq 差异表达与通路分析 Web 应用 |
| 🔥 ggVolcanoR | 无需编程的火山图定制工具 |
| MORPHEUS | Broad 研究所在线热图生成工具 |
| Cytoscape | 蛋白质互作网络可视化与分析平台 |
| ✏️ BioRender | 科学示意图绘制，大量生物学模板 |
文献检索¶
| 工具 | 简介 |
|---|---|
| 📖 PubMed | 全球最大生物医学文献数据库，3600 万+ 引文 |
| PMC | PubMed 全文免费档案库 |
| bioRxiv | 生物学预印本服务器，最新未评审论文 |
| Connected Papers | 论文引用关系图谱可视化 |
| Semantic Scholar | AI 驱动学术搜索引擎 |
组学分析¶
宏基因组与微生物（104 篇）
宏基因组全流程、16S/ITS 扩增子、微生物多样性、物种组成、功能注释、抗性基因、网络推断等。
基因组与变异检测（92 篇）
WGS/WES 变异检测、基因组组装、群体遗传学、GWAS、系统发育、进化分析等。
热门教程： SnpEff变异注释 · 线粒体基因组分析 · 原核基因组比较分析 · 基因组选择性清除 · 遗传变异致病性预测
测序技术与数据处理（29 篇）
各代测序原理、FASTQ/BAM/VCF 格式、数据质控、序列比对与过滤。
热门教程： Bisulfite测序数据分析 · 测序技术原理 · Nanopore甲基化检测 · 全长转录本分析IsoSeq · 单细胞数据质控标准
基因注释与功能分析（35 篇）
KEGG/GO/eggNOG 数据库、富集分析、通路分析、功能预测。
热门教程： 功能注释数据库 · DNA损伤修复通路分析 · 蛋白质domain分析InterPro · SQL数据库基础 · 代谢物鉴定与数据库匹配
转录组分析（39 篇）
RNA-seq 全流程、差异表达、WGCNA 共表达、可变剪接、lncRNA、反卷积。
热门教程： 可变剪接分析 · 空间转录组数据分析 · Bulk RNA-seq反卷积 · 长非编码RNA分析 · 转录组可变polyA分析
单细胞分析（42 篇）
scRNA-seq 全流程、空间转录组、细胞通讯、轨迹分析、数据整合。
表观遗传学（28 篇）
DNA 甲基化、ATAC-seq、ChIP-seq、Hi-C 三维基因组、CUT&Tag。
热门教程： 表观时钟分析 · DNA甲基化检测方法比较 · 组蛋白修饰类型与功能 · CUT&Tag技术原理与分析 · CUT&RUN数据分析
蛋白组学（24 篇）
蛋白质组学、质谱数据处理、TMT/DIA 标记、蛋白互作网络。
热门教程： 质谱蛋白组学数据分析 · 蛋白质组TMT标记定量 · 蛋白质互作预测 · 蛋白组DIA定量分析 · 蛋白组Label-free定量
代谢组学（8 篇）
LC-MS/GC-MS 代谢组学、代谢通路、靶向与非靶向代谢组学。
热门教程： 代谢组学数据预处理与归一化 · 非靶向代谢组学LC-MS分析 · 靶向代谢组学定量方法 · 代谢组学多元统计PLS-DA OPLS-DA · 脂质组学数据分析
肿瘤与临床（45 篇）
肿瘤基因组、免疫浸润、药物敏感性、TCGA/GEO 数据挖掘、液体活检。
热门教程： 免疫浸润分析 · TCGA数据挖掘 · 肿瘤新抗原预测 · GEO数据挖掘与重分析 · 细胞死亡相关分析
专题分析方法（27 篇）
CRISPR、circRNA、基因融合、转录因子、多组学整合（MOFA）等。
热门教程： 流程管理工具 · 基因融合检测 · 转录因子结合位点预测 · 基因调控网络推断 · 多组学因子分析MOFA
编程与计算机¶
Python编程（16 篇）
Python 基础与进阶、Biopython、面向对象、异步编程。
热门教程： Python数据分析 · Python装饰器高级用法 · Python上下文管理器 · Python元编程metaclass · Python内存管理与GC
R语言（7 篇）
R 基础、Bioconductor 生态、ggplot2 可视化。
热门教程： R语言可视化 · R语言面试高频考点 · R语言Bioconductor入门 · 面试R语言统计题 · 可视化对比ggplot2 matplotlib plotly
Linux与Shell（6 篇）
Linux 操作、Shell 脚本、正则表达式、HPC 集群。
热门教程： Linux与Shell脚本 · 正则表达式 · 面试Linux命令速查 · HPC集群使用 SLURM PBS · HPC对比SLURM PBS
其他编程语言（6 篇）
Go、Rust、C/C++、Java、TypeScript、Julia 等。
热门教程： Go语言并发模型 · Go语言Web开发Gin · Rust所有权与借用 · Rust错误处理模式 · Rust异步编程tokio
版本控制与环境（8 篇）
Git、Docker、Conda 环境管理、SQL。
热门教程： Git版本控制 · Docker与Conda环境管理 · SQL多表连接策略 · PostgreSQL高级特性 · MySQL性能调优
算法与数据结构（22 篇）
排序、搜索、动态规划、树、图、哈希表等。
热门教程： 数据结构之图算法 · 数据结构之树与堆 · 动态规划从入门到实战 · 贪心算法与回溯 · 字符串算法KMP Rabin-Karp
系统与架构（18 篇）
分布式系统、微服务、消息队列、容器编排等。
热门教程： 数据库索引原理B+树 · 分布式系统基础CAP · Elasticsearch搜索引擎 · 微服务设计模式 · 事件驱动架构
网络与协议（9 篇）
HTTP/HTTPS、DNS、TLS、OAuth、GraphQL、gRPC 等。
热门教程： 网络编程Socket实战 · HTTP协议详解 · DNS工作原理 · TLS与HTTPS · OAuth2与JWT认证
统计与AI¶
深度学习与大模型（27 篇）
CNN/RNN/Transformer、大模型微调、多模态、推理优化。
热门教程： 注意力机制全家族 · 位置编码方法对比 · RLHF与DPO训练 · 推测解码原理 · KV Cache优化技术
NLP与文本挖掘（8 篇）
自然语言处理、文本挖掘、命名实体识别、文本分类。
热门教程： Tokenizer分词器详解 · 文本生成解码策略 · 文本分类任务实战 · 命名实体识别NER · 情感分析方法
基础与综合¶
面试与综合技能（19 篇）
面试题库、文献检索、分子生物学、求职技巧。
工具与教程¶
AI工具（74 篇）
AI大模型工具。
热门教程： Ollama本地大模型部署与使用 · LangChain入门与RAG实战 · HuggingFace Transformers入门 · AI Agent开发入门 · AI编程助手深度对比与高效使用
生信工具（40 篇）
生信分析工具。
热门教程： Snakemake流程管理实战 · 单细胞分析入门 Scanpy · QIIME2微生物组分析 · Starship跨Shell提示符 · Litestar Python API
数据与可视化（26 篇）
数据科学与可视化。
热门教程： Evidence数据报告 · DBeaver数据库管理 · Quarto数据报告 · Python数据处理进阶 Pandas · Pandas 2新特性
容器与云（21 篇）
Docker与容器, 云计算与GPU。
热门教程： Harbor镜像仓库 · Composer训练优化 · Cosign容器签名 · Portainer容器管理 · Harbor容器镜像仓库
开发工具（68 篇）
开发与编程工具, 终端与编辑器。
热门教程： Hatch Python项目管理 · Podman容器引擎 · Crawl4AI网页智能抓取 · Devcontainer开发容器 · Forgejo Git托管
Web与应用（35 篇）
Web框架与前端, 数据库与存储。
热门教程： Spring AI · HTMX前端交互 · Svelte 5 · Django REST Framework · Visx React可视化
文档与写作（20 篇）
文档与写作。
热门教程： PrivateGPT文档问答 · Unstructured文档解析 · DocTR文档OCR · Storybook组件文档 · Mermaid图表代码
运维与部署（63 篇）
DevOps与部署, 网络与安全工具。
热门教程： Tilt微服务开发 · Earthly构建工具 · Infisical密钥管理 · Cloudflare Workers · Caddy Web服务器
多媒体与效率（7 篇）
多媒体工具, 效率与自动化。
热门教程： Tesseract OCR · FFmpeg音视频处理 · ImageMagick图像处理 · n8n工作流自动化 · n8n自动化工作流