Flye — 长读段从头组装工具¶

# 方法1：conda 安装（推荐）
conda install -c bioconda flye  # 从 bioconda 安装

# 方法2：pip 安装
pip install flye  # 从 PyPI 安装

# 验证安装
flye --version  # 当前最新 2.9.5（2024年）

# ONT 原始读段组装
flye \
  --nano-raw ont_reads.fq.gz \  # ONT 原始读段（含较高错误率）
  --out-dir flye_output \        # 输出目录
  --threads 16 \                 # 16 线程
  --genome-size 5m               # 预估基因组大小（细菌约 5Mb）

# ONT 高质量读段组装（Q20+ / SUP basecalling）
flye \
  --nano-hq ont_hq.fq.gz \      # ONT 高质量读段
  --out-dir flye_hq_output \
  --threads 16 \
  --genome-size 5m

# PacBio HiFi 读段组装
flye \
  --pacbio-hifi hifi.fq.gz \    # PacBio HiFi 读段
  --out-dir flye_hifi_output \
  --threads 16 \
  --genome-size 5m

# PacBio CLR 读段组装
flye \
  --pacbio-raw clr.fq.gz \      # PacBio CLR 原始读段
  --out-dir flye_clr_output \
  --threads 16 \
  --genome-size 5m

# 宏基因组模式（处理不均匀覆盖度）
flye \
  --nano-raw metagenome_reads.fq.gz \
  --out-dir meta_output \
  --threads 32 \
  --meta                         # 宏基因组模式（不需要指定 genome-size）

# 增加 polishing 轮次（提高准确度）
flye \
  --nano-raw reads.fq.gz \
  --out-dir polished_output \
  --threads 16 \
  --genome-size 5m \
  --iterations 3                 # polishing 迭代 3 次（默认 1 次）

# 从检查点恢复
flye \
  --nano-raw reads.fq.gz \
  --out-dir flye_output \
  --threads 16 \
  --genome-size 5m \
  --resume                       # 从上次中断处恢复

# 组装后用短读段 polishing（提高准确度）
# 先用 Flye 组装
flye --nano-raw reads.fq.gz --out-dir flye_out --threads 16 --genome-size 5m
# 再用 Medaka（ONT polishing）
medaka_polish -i ont_reads.fq.gz -d flye_out/assembly.fasta -o medaka_out -t 16
# 可选：再用 Pilon + Illumina 短读段进一步 polish

ls flye_output/
# assembly.fasta     — 最终组装序列（主要结果）
# assembly_graph.gfa — 组装图（Bandage 可视化）
# assembly_info.txt  — 每条 contig 的长度、覆盖度、是否环形
# flye.log           — 运行日志