Verkko — 端粒到端粒（T2T）基因组组装工具¶

# 方法1：conda 安装（推荐）
conda install -c bioconda -c conda-forge verkko  # 需要 bioconda 和 conda-forge

# 方法2：源码安装
git clone https://github.com/marbl/verkko.git  # 克隆源码
cd verkko/src && make -j 16                      # 编译

# 验证安装
verkko --version  # 当前最新 2.2（2024年）

# HiFi + ONT Ultra-long 组装（推荐）
verkko \
  -d verkko_output \             # 输出目录
  --hifi hifi_reads.fq.gz \      # PacBio HiFi 读段
  --nano ont_ultralong.fq.gz \   # ONT Ultra-long 读段
  --threads 32                    # 线程数

# 仅 HiFi 组装（也可以，但连续性不如加 ONT）
verkko \
  -d verkko_hifi_only \
  --hifi hifi_reads.fq.gz \
  --threads 32

# HiFi + ONT + Hi-C 完整组装（最高质量）
verkko \
  -d verkko_full \
  --hifi hifi_reads.fq.gz \
  --nano ont_ultralong.fq.gz \
  --hic1 hic_R1.fq.gz \         # Hi-C Read 1
  --hic2 hic_R2.fq.gz \         # Hi-C Read 2
  --threads 48

# 在 Slurm 集群上运行（大基因组推荐）
verkko \
  -d verkko_output \
  --hifi hifi_reads.fq.gz \
  --nano ont_ultralong.fq.gz \
  --snakemake-args "--cluster 'sbatch -p normal -c {threads} --mem={resources.mem_gb}G'" \
  --threads 32

# 从断点恢复（Verkko 基于 Snakemake，天然支持恢复）
verkko \
  -d verkko_output \             # 使用相同的输出目录
  --hifi hifi_reads.fq.gz \
  --nano ont_ultralong.fq.gz \
  --threads 32                    # 会自动从断点继续

ls verkko_output/
# assembly.fasta       — 最终组装序列
# assembly.haplotype1.fasta — 单倍型 1（有 Hi-C 时）
# assembly.haplotype2.fasta — 单倍型 2（有 Hi-C 时）
# assembly.homopolymer-compressed.gfa — 组装图