Hifiasm — PacBio HiFi 基因组组装最佳工具¶

# 方法1：conda 安装（推荐）
conda install -c bioconda hifiasm  # 从 bioconda 安装

# 方法2：源码编译（获取最新版）
git clone https://github.com/chhylp123/hifiasm  # 克隆源码
cd hifiasm && make                                # 编译

# 验证安装
hifiasm --version  # 当前最新 0.25.0（2025年，新增ONT simplex组装支持）

# 最简单的 HiFi 组装（只需一行命令）
hifiasm \
  -o sample \                    # 输出文件前缀
  -t 32 \                        # 32 线程
  hifi_reads.fq.gz               # HiFi 读段

# 输出文件（GFA 格式，需转为 FASTA）
# sample.bp.p_ctg.gfa — 主要 contig（primary）
# sample.bp.hap1.p_ctg.gfa — 单倍型 1
# sample.bp.hap2.p_ctg.gfa — 单倍型 2

# GFA 转 FASTA
awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' sample.bp.p_ctg.gfa > primary.fa       # 主要组装
awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' sample.bp.hap1.p_ctg.gfa > hap1.fa    # 单倍型 1
awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' sample.bp.hap2.p_ctg.gfa > hap2.fa    # 单倍型 2

# Hi-C 辅助单倍型分型（推荐，得到更好的 phasing）
hifiasm \
  -o sample_hic \
  -t 32 \
  --h1 hic_R1.fq.gz \           # Hi-C Read 1
  --h2 hic_R2.fq.gz \           # Hi-C Read 2
  hifi_reads.fq.gz               # HiFi 读段

# ONT Ultra-long + HiFi 混合组装（最高连续性）
hifiasm \
  -o sample_hybrid \
  -t 32 \
  --ul ont_ultralong.fq.gz \    # ONT Ultra-long 读段
  hifi_reads.fq.gz               # HiFi 读段

# 调整 purge 级别（控制杂合区域处理）
hifiasm \
  -o sample \
  -t 32 \
  -l 2 \                         # purge 级别：0=不purge，1=轻度，2=默认，3=激进
  hifi_reads.fq.gz

# 细菌/小基因组组装（纯合）
hifiasm \
  -o bacteria \
  -t 16 \
  --primary \                    # 只输出 primary assembly（纯合基因组用）
  hifi_reads.fq.gz

# 宏基因组 HiFi 组装
hifiasm \
  -o meta_sample \
  -t 32 \
  --meta \                       # 宏基因组模式（处理不均匀覆盖度，v0.19+）
  hifi_reads.fq.gz