Shasta — 超快速 ONT 基因组组装工具¶

# 方法1：conda 安装（推荐）
conda install -c bioconda shasta  # 从 bioconda 安装

# 方法2：直接下载预编译版本
wget https://github.com/paoloshasta/shasta/releases/download/0.12.0/shasta-Linux-0.12.0
chmod +x shasta-Linux-0.12.0     # 添加执行权限
mv shasta-Linux-0.12.0 shasta    # 重命名

# 验证安装
shasta --version  # 当前最新 0.12.0（2024年）

# 基本 ONT 组装
shasta \
  --input ont_reads.fq.gz \      # ONT 读段（支持 FASTA/FASTQ/gz）
  --assemblyDirectory shasta_output  # 输出目录

# 使用预设配置（推荐，针对不同数据类型优化）
shasta \
  --input ont_reads.fq.gz \
  --config Nanopore-R10-Fast \    # R10 流通池快速模式
  --assemblyDirectory shasta_output

# 指定线程数
shasta \
  --input ont_reads.fq.gz \
  --config Nanopore-R10-Fast \
  --threads 32 \                  # 32 线程
  --assemblyDirectory shasta_output

# 使用内存文件系统加速（推荐，速度提升 2-3 倍）
shasta \
  --input ont_reads.fq.gz \
  --config Nanopore-R10-Fast \
  --assemblyDirectory shasta_output \
  --memoryMode filesystem \       # 使用文件系统存储中间数据
  --memoryBacking disk            # 用磁盘（默认用 /dev/shm 共享内存）

# 高质量 ONT 数据（Q20+）配置
shasta \
  --input ont_hq_reads.fq.gz \
  --config Nanopore-R10-Slow \    # 慢速但更准确
  --threads 32 \
  --assemblyDirectory shasta_hq_output

# 调整覆盖度参数（高覆盖度数据）
shasta \
  --input ont_reads.fq.gz \
  --config Nanopore-R10-Fast \
  --Reads.minReadLength 5000 \    # 只用 >=5kb 的读段
  --threads 32 \
  --assemblyDirectory shasta_output

# 组装后 polishing
# Shasta 组装精度不如 Flye，通常需要 polishing
# 用 Medaka（ONT 官方 polishing 工具）
medaka_polish \
  -i ont_reads.fq.gz \            # 原始 ONT 读段
  -d shasta_output/Assembly.fasta \  # Shasta 组装结果
  -o medaka_output \
  -t 16

# 查看所有可用预设
shasta --listConfigurations

# 常用预设：
# Nanopore-R10-Fast     — R10 流通池快速模式（推荐日常使用）
# Nanopore-R10-Slow     — R10 流通池慢速高精度
# Nanopore-R9-Fast      — R9 流通池快速模式
# Nanopore-UL-Dec2023   — Ultra-long 读段优化