Inspector — 长读长de novo组装质量评估工具¶

# 方法1：conda安装（推荐）
conda create -n inspector python=3.8    # 创建Python环境
conda activate inspector

conda install -c bioconda inspector     # 安装Inspector
conda install -c bioconda minimap2      # Inspector依赖minimap2做比对

# 方法2：源码安装（来自ChongLab维护的最新版）
git clone https://github.com/ChongLab/Inspector
cd Inspector
pip install -r requirements.txt          # 安装Python依赖

# 验证安装
inspector.py --version    # 查看版本（最新更新2024年8月）
inspector.py --help       # 查看帮助

# 无参考基因组模式（最常用）
inspector.py \
    -c assembly.fasta \        # 待评估的组装contig文件
    -r reads.fastq.gz \        # 用于评估的原始长读长
    -o inspector_output \      # 输出目录
    --datatype nanopore        # 数据类型：nanopore 或 pacbio-raw 或 pacbio-hifi

# 有参考基因组模式（可获得额外对比信息）
inspector.py \
    -c assembly.fasta \
    -r reads.fastq.gz \
    -o inspector_output \
    --ref reference.fasta \    # 参考基因组（可选）
    --datatype pacbio-hifi     # HiFi数据

# 运行Inspector后，可以对发现的错误进行校正
inspector-correct.py \
    -i inspector_output \      # Inspector输出目录
    --datatype nanopore \      # 数据类型
    -o corrected_assembly/     # 校正后的输出目录

# 评估ONT组装结果（以Flye组装为例）

# 1. 准备数据
ASSEMBLY="flye_output/assembly.fasta"     # Flye输出的组装
READS="ont_reads.fastq.gz"               # 原始ONT reads

# 2. 运行Inspector（无参考，参数-t设置线程数）
inspector.py \
    -c $ASSEMBLY \
    -r $READS \
    -o inspector_results \
    --datatype nanopore \
    -t 24 \
    -l 10000          # 仅评估长于10kb的contig

# 3. 查看评估报告
cat inspector_results/summary_statistics  
# 关注指标：
# - QV (Quality Value)：越高越好，>40表示99.99%准确率
# - Read mapping rate：reads比对率，越高越好
# - Structural errors：结构错误数量（展开、坍缩、单倍型切换等）
# - Small-scale errors：小错误数量（碱基替换、小插入/缺失）

# 4. 查看具体错误位置
cat inspector_results/structural_errors.bed   # 结构错误坐标
cat inspector_results/small_scale_errors.bed  # 小错误坐标

# 5. 可选：基于Inspector结果进行错误校正
inspector-correct.py \
    -i inspector_results \
    --datatype nanopore \
    -o corrected/ \
    -t 24