n8n 自动化工作流¶

白话：一条自动化流水线，从"触发"到"结束"的完整流程

白话：流水线上的每一个"工位"，每个工位负责一个具体任务

白话：流水线的"开关"，什么时候开始干活

白话：各种账号密码/API Key 的"钥匙柜"，统一管理，安全存储

白话：节点之间传递数据的"翻译器"，用 {{ }} 包裹

// 引用上一个节点的输出数据
{{ $json.name }}              // 当前节点输入数据的 name 字段
{{ $('HTTP Request').item.json.title }}  // 引用指定节点的 title 字段
{{ $now.toISO() }}            // 当前时间（ISO 格式）
{{ $json.score > 0.8 ? '高分' : '低分' }}  // 三元表达式做条件判断

# 创建持久化数据目录
docker volume create n8n_data

# 一行命令启动 n8n（访问 http://localhost:5678）
docker run -it --rm \
  --name n8n \
  -p 5678:5678 \                           # 映射端口，浏览器访问用
  -v n8n_data:/home/node/.n8n \            # 数据持久化，重启不丢数据
  docker.n8n.io/n8nio/n8n                  # 官方 Docker 镜像

# docker-compose.yml
version: '3.8'
services:
  n8n:
    image: docker.n8n.io/n8nio/n8n          # 官方镜像
    restart: always                          # 自动重启
    ports:
      - "5678:5678"                          # 端口映射
    environment:
      - N8N_BASIC_AUTH_ACTIVE=true           # 开启基础认证
      - N8N_BASIC_AUTH_USER=admin            # 用户名
      - N8N_BASIC_AUTH_PASSWORD=your_pwd     # 密码（改成自己的）
      - GENERIC_TIMEZONE=Asia/Shanghai       # 时区设为中国
      - N8N_DEFAULT_LOCALE=zh                # 界面语言中文
    volumes:
      - n8n_data:/home/node/.n8n             # 持久化数据

volumes:
  n8n_data:                                  # 声明数据卷

# 启动
docker compose up -d    # -d 表示后台运行

# 查看日志
docker compose logs -f n8n

# 停止
docker compose down

# 需要 Node.js 18+
npx n8n                  # 一行命令启动，自动下载运行

# 也可以全局安装
npm install -g n8n       # 全局安装
n8n start                # 启动

[Schedule Trigger] → [HTTP Request] → [Edit Fields]
    每天 8:00          请求天气 API       提取关键信息

[Manual Trigger] → [OpenAI] → [Edit Fields]
                    调用 GPT      格式化输出

[HTTP Request] → [Filter] → [Code] → [Convert to File] → [Send Email]
  获取数据        筛选条件    处理数据    生成 CSV          发送结果

// 对输入数据做处理，提取关键字段
const items = $input.all();           // 获取所有输入项
const results = items.map(item => ({  // 遍历处理
  json: {
    gene: item.json.gene_symbol,      // 提取基因名
    pvalue: item.json.p_value,        // 提取 p 值
    significant: item.json.p_value < 0.05 ? '是' : '否'  // 判断是否显著
  }
}));
return results;                       // 返回处理后的数据

[Schedule Trigger] → [RSS Feed Read] → [OpenAI] → [Google Sheets]
  每天 9 点触发       读取 PubMed RSS    AI 摘要     写入表格

你是一名生物信息学研究助手。请用中文总结以下论文摘要，提取：
1. 研究目的
2. 方法
3. 主要发现
4. 与宏基因组/肠道菌群的关联度（高/中/低/无）

论文内容：{{ $json.content }}

# 先安装 Ollama 并拉取模型
ollama pull qwen2.5:7b       # 拉取通义千问 7B 模型

[Chat Trigger] → [Vector Store Retriever] → [AI Agent] → [Chat Response]
  用户提问         从向量库检索相关文档      AI 结合文档回答    返回答案

[Schedule Trigger]     每周一早上 8 点
       ↓
[HTTP Request]         从 NCBI GEO API 下载 GSE 数据
       ↓
[Execute Command]      运行 R/Python 分析脚本
       ↓
[Code]                 解析分析结果，提取关键指标
       ↓
[OpenAI]               AI 生成分析报告摘要
       ↓
[Convert to File]      将结果导出为 CSV + PDF
       ↓
[Send Email]           发送给导师/团队，附带报告附件

URL: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi
Parameters:
  db = gds
  term = "gut microbiome" AND "type 2 diabetes"
  retmax = 10
  sort = date
  retmode = json

# 激活 conda 环境并运行分析脚本
source activate bioinfo && python /home/user/scripts/analyze_geo.py --input {{ $json.filename }}

[RSS Feed Trigger]     监控 PubMed RSS（关键词：gut microbiome T2D）
       ↓
[Filter]               过滤：标题/摘要包含 metagenome 或 16S
       ↓
[OpenAI]               用 GPT 生成中文摘要 + 相关性评分
       ↓
[If]                   相关性 > 7 分？
      ↓ Yes                    ↓ No
[Send Email]           [No Operation]
发送"高相关论文提醒"       忽略

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/rss/search/1/?term=gut+microbiome+type+2+diabetes&limit=20

原因：n8n 服务没启动，或端口被占用
解决：
  1. 检查 n8n 是否在运行：docker ps | grep n8n
  2. 检查端口占用：lsof -i :5678
  3. 换个端口：docker run -p 5679:5678 docker.n8n.io/n8nio/n8n

原因：API Key 过期、填错、或者权限不够
解决：
  1. 进入 Credentials 页面，重新编辑对应凭证
  2. 点"Test"按钮验证是否能连通
  3. 检查 API Key 的权限范围是否足够

原因：调用外部 API 太频繁，触发速率限制
解决：
  1. 在 HTTP Request 节点开启 "Batching"，设置间隔时间
  2. 使用 "Wait" 节点在请求之间加延迟
  3. 在 Settings 中减小 Retry on Fail 的频率

原因：工作流缺少 Trigger 节点，或 Trigger 配置有误
解决：
  1. 确保工作流至少有一个 Trigger 节点
  2. 检查 Trigger 的配置是否完整（比如 Webhook URL 是否正确）
  3. 查看 n8n 日志：docker logs n8n

原因：SQLite 并发写入冲突（默认数据库是 SQLite）
解决：
  1. 生产环境建议换成 PostgreSQL：
     环境变量添加：
     DB_TYPE=postgresdb
     DB_POSTGRESDB_HOST=your_pg_host
     DB_POSTGRESDB_DATABASE=n8n
  2. 临时方案：减少并发工作流数量

原因：Docker 容器中找不到你调用的命令（如 python、R）
解决：
  1. 使用自定义 Dockerfile 安装所需工具：
     FROM docker.n8n.io/n8nio/n8n
     USER root
     RUN apk add --no-cache python3 py3-pip
     USER node
  2. 或者通过 SSH 节点远程执行命令（连接宿主机或分析服务器）

// === 数据引用 ===
{{ $json.fieldName }}                    // 当前项的字段
{{ $('NodeName').item.json.field }}       // 指定节点的字段
{{ $input.all() }}                       // 所有输入项
{{ $input.first().json.field }}          // 第一条数据的字段

// === 时间相关 ===
{{ $now }}                               // 当前时间（Luxon DateTime）
{{ $now.toFormat('yyyy-MM-dd') }}        // 格式化：2026-05-03
{{ $now.minus({ days: 7 }).toISO() }}   // 7 天前的 ISO 时间

// === 字符串操作 ===
{{ $json.name.toUpperCase() }}           // 转大写
{{ $json.text.slice(0, 100) }}          // 截取前 100 字符
{{ $json.email.includes('@') }}          // 是否包含 @

// === 条件判断 ===
{{ $json.score > 0.05 ? '不显著' : '显著' }}   // 三元表达式
{{ $json.list?.length ?? 0 }}                   // 空值安全取长度

// === 环境变量 ===
{{ $env.MY_API_KEY }}                    // 读取环境变量
{{ $vars.threshold }}                    // 读取工作流变量

# 启动
docker run -d --name n8n -p 5678:5678 -v n8n_data:/home/node/.n8n docker.n8n.io/n8nio/n8n

# 停止/启动/重启
docker stop n8n
docker start n8n
docker restart n8n

# 查看日志
docker logs -f n8n

# 升级到最新版
docker pull docker.n8n.io/n8nio/n8n    # 拉取最新镜像
docker stop n8n                         # 停止旧容器
docker rm n8n                           # 删除旧容器
docker run -d --name n8n -p 5678:5678 -v n8n_data:/home/node/.n8n docker.n8n.io/n8nio/n8n  # 启动新容器

# 备份数据
docker cp n8n:/home/node/.n8n ./n8n_backup

# 导出所有工作流（通过 API）
curl http://localhost:5678/api/v1/workflows -H "X-N8N-API-KEY: your_api_key"