SPAdes — 小基因组从头组装标准工具¶

# 方法1：conda 安装（推荐）
conda install -c bioconda spades  # 从 bioconda 安装

# 方法2：预编译下载
wget https://github.com/ablab/spades/releases/download/v4.0.0/SPAdes-4.0.0-Linux.tar.gz
tar -xzf SPAdes-4.0.0-Linux.tar.gz  # 解压即用

# 验证安装
spades.py --version  # 当前最新 v4.0.0（2024年）

# 细菌基因组组装（双端 Illumina）
spades.py \
  -1 R1.fq.gz \              # Read 1
  -2 R2.fq.gz \              # Read 2
  -o spades_output \          # 输出目录
  -t 16 \                    # 16 线程
  -m 32                      # 最大内存 32GB

# 组装结果在 spades_output/ 下：
# scaffolds.fasta — 最终脚手架序列（通常用这个）
# contigs.fasta — contig 序列（无连接信息）
# assembly_graph.gfa — 组装图（Bandage 可视化用）

# 混合组装（短读 + 长读，推荐细菌完成图）
spades.py \
  -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz \  # Illumina 短读段
  --nanopore ont_reads.fq.gz \ # ONT 长读段
  -o hybrid_output \
  -t 16 -m 64

# 仅用长读段组装（PacBio CLR）
spades.py \
  --pacbio clr_reads.fq.gz \  # PacBio CLR 读段
  -o pacbio_output \
  -t 16

# 分离株模式（单一菌株，更严格的组装）
spades.py \
  --isolate \                  # 分离株模式（低错误率、均匀覆盖度）
  -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz \
  -o isolate_output \
  -t 16

# 谨慎模式（减少错误组装，牺牲一些连续性）
spades.py \
  --careful \                  # 减少错配和短 indel
  -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz \
  -o careful_output \
  -t 16

# 从断点恢复（组装中断后继续）
spades.py \
  -o spades_output \           # 使用之前的输出目录
  --restart-from last          # 从最后的检查点恢复

# 使用 mate-pair 文库提高连续性
spades.py \
  -1 pe_R1.fq.gz -2 pe_R2.fq.gz \  # paired-end 文库
  --mp1-1 mp_R1.fq.gz --mp1-2 mp_R2.fq.gz \  # mate-pair 文库
  -o mp_output \
  -t 16