Bun 打包与运行 — 用 Zig 写的极速 JavaScript 运行时，替代 Node.js + npm¶

# Linux/macOS 安装（一行命令）
curl -fsSL https://bun.sh/install | bash

# Windows（PowerShell）
powershell -c "irm bun.sh/install.ps1 | iex"

# 通过 npm 安装
npm install -g bun

# 验证安装
bun --version          # 查看版本号

# 升级 Bun 自身
bun upgrade

# 项目初始化（类似 npm init）
bun init               # 交互式创建项目
bun init -y            # 跳过问答，用默认配置

# ── 包管理（替代 npm/yarn/pnpm）──
bun install            # 安装 package.json 中所有依赖（比 npm 快 25x）
bun add react          # 安装包（相当于 npm install react）
bun add -d typescript  # 安装开发依赖（-d 等于 --dev）
bun remove react       # 卸载包
bun update             # 更新所有依赖

# ── 运行脚本 ──
bun run dev            # 运行 package.json 中的 dev 脚本
bun run src/index.ts   # 直接运行 TypeScript 文件（无需编译！）
bun src/index.ts       # 简写形式

# ── 执行一次性命令 ──
bunx create-react-app  # 相当于 npx，临时下载并执行包

// src/server.ts — 用 Bun 内置 API 创建 HTTP 服务器
const server = Bun.serve({
  port: 3000,                              // 监听端口
  hostname: '0.0.0.0',                    // 监听所有网络接口

  fetch(req: Request): Response {         // 每个请求都会调用此函数
    const url = new URL(req.url);         // 解析 URL
    if (url.pathname === '/health') {     // 健康检查接口
      return new Response('OK', { status: 200 });
    }
    return new Response('Hello from Bun!');  // 默认响应
  },
});

console.log(`服务器运行在 http://localhost:${server.port}`);

// ── 用 Bun 处理生信数据文件 ──

// 1. 读取大型 FASTQ 文件（Bun 的文件 API）
const file = Bun.file('/data/reads.fastq');          // 创建文件引用（不立即读取）
const text = await file.text();                       // 读取全部内容为字符串
console.log('文件大小:', file.size, 'bytes');         // 获取文件大小

// 2. 流式处理大文件（推荐处理几 GB 的 FASTQ）
async function countReads(filePath: string): Promise<number> {
  let count = 0;                                      // 读段计数
  const file = Bun.file(filePath);
  const text = await file.text();
  for (const line of text.split('\n')) {
    if (line.startsWith('@')) count++;                // FASTQ 的读段以 @ 开头
  }
  return count;
}

// 3. 写入文件
await Bun.write('/results/output.txt', '分析结果\n');  // 写入字符串

// 4. 执行 shell 命令（替代 child_process）
const result = await Bun.$`fastqc /data/sample.fastq --outdir /results`;
// Bun.$ 是内置的 shell 模板字符串，类似 zx
console.log('FastQC 完成:', result.exitCode);

// 5. 并行处理多个文件
const samples = ['S1.fastq', 'S2.fastq', 'S3.fastq'];
await Promise.all(                                    // 并行执行
  samples.map(s => Bun.$`fastqc /data/${s} --outdir /results`)
);

# ── Bun 内置测试框架 ──
bun test                   # 运行所有测试（查找 *.test.ts 文件）
bun test --watch           # 监听模式
bun test --parallel        # 并行运行（v1.3 新增）
bun test --shard 1/3       # 分片测试（在 CI 中分布到多个节点）
bun test --coverage        # 代码覆盖率报告

// sum.test.ts — Bun 测试语法（兼容 Jest/Vitest API）
import { expect, test, describe } from 'bun:test';  // 使用 bun:test 模块

describe('基因计数工具', () => {
  test('正确统计 FASTQ 读段数', () => {
    const mockContent = '@read1\nATCG\n+\nIIII\n@read2\nGCTA\n+\nHHHH\n';
    const count = mockContent.split('\n').filter(l => l.startsWith('@')).length;
    expect(count).toBe(2);                          // 应有 2 条读段
  });
});

# 包管理
bun install            # 安装全部依赖
bun add <pkg>          # 添加包
bun add -d <pkg>       # 添加开发依赖
bun remove <pkg>       # 删除包
bun update             # 更新所有包

# 运行
bun run <script>       # 运行 npm script
bun <file.ts>          # 直接运行 TS 文件
bunx <cmd>             # 临时执行包命令

# 构建（打包为单文件）
bun build src/index.ts --outdir dist      # 打包输出
bun build src/index.ts --target bun       # 打包为 Bun 可执行文件
bun build src/index.ts --minify           # 压缩输出

# 测试
bun test               # 运行测试
bun test --watch       # 监听模式
bun test --coverage    # 覆盖率

# 官方文档：https://bun.sh/docs