Tutorial of single-cell RNA-ATAC multiomic sequencing data analysis

摘要: 本文是一篇关于单细胞RNA-ATAC多组学测序数据分析的R语言教程。教程涵盖三个核心部分：第一，单模态分析，即分别对单细胞RNA测序数据或ATAC测序数据进行独立分析；第二，双模态整合分析，利用RNA和ATAC两种模态数据进行联合分析，以获得更全面的细胞特征表征；第三，基于Pando方法进行基因调控网络重建，揭示基因表达调控的潜在机制。教程所使用的示例数据来源于一项关于人类血管类器官发育过程中细胞命运与状态转变的研究。该教程为研究者提供了从单模态到多模态整合分析，再到调控网络推断的系统性分析框架，适用于单细胞多组学数据的深入挖掘。此外，作者团队还提供了基于Python的配套分析教程，方便不同编程背景的研究人员参考使用。该教程由苏黎世联邦理工学院Barbara Treutlein课题组开发维护。